Согласно статье 55 ГК РФ филиалом является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все его функции или их часть, в том числе функции представительства. Представительства и филиалы не являются юридическими лицами
При этом передавать руководителю филиала полномочия подписывать контракты необходимо на основании приказа руководителя заказчика или доверенности.
Кроме того в соответствии с приказом Минэкономразвития РФ от 29.10.2013 N 631
контрактную службу должен возглавлять руководитель заказчика или один из заместителей руководителя заказчика.
На основании изложенного ведомство делает такой вывод
Документ: Письмо Минэкономразвития России от 09.06.2015 N Д28и-1639